政府ではなく、巨大な権力を持つ企業によって動かされる国家。実権を握るべく争いを繰り広げている2大勢力、若き頭首・風間仁が率いる“三島財閥”と、彼の実の父親である三島一八が実権を握る“Gコーポレーション”。彼らは、強大な力を得られるであろう人類初の万能細胞“M細胞”を求め、世界各国を極秘に捜索していた。

時を同じくして、風間と三島の両陣営は、その鍵を握る人物が京都のインターナショナルスクール、京國校に通う高校生“神谷真”であることを突きとめる。互いに悟られぬよう“神谷真”の身辺調査を行うため、風間仁は専属のエージェント、ニーナ・ウィリアムズを派遣。一方の三島一八は彼の右腕であるアンナ・ウィリアムズを、財閥が経営する“三島高専”（三島工業高等専門学校）へと送りこんだ。

その三島高専の2年生リン・シャオユウは、女子高生ながら若き中国拳法の達人。いつものように遅刻ギリギリで登校すると、おもむろに校長室に呼び出される。しかし、校長の椅子に座っていたのは「Gコーポレーションから派遣された」という見知らぬ女。そして京國校への転入と、神谷の身元を調べることを依頼される。一度はそれを断ったシャオユウだったが、Gコーポレーションと対立する三島財閥＝風間仁に近づくチャンスかもしれないと考え直し、このミッションを引き受ける。

風間仁はかつてシャオユウの良き友人であったが、今や三島財閥を使い、世界を混沌へと導く狂気の存在へと変貌してしまった。その風間に再び出会うことで、本来の姿を取り戻してもらうことが出来るかも知れない、と考えたからだ。

こうして京國校に潜入したシャオユウ。早速、校内で神谷を探していると、突然、屋上からひとりの男が落ちてきた。飛び降り自殺かと思い、その身体能力で彼の救出に成功するが、その男こそが目的の神谷真だった。知り合った同級生アリサ・ボスコノビッチは神谷に思いを寄せており、 救ってくれたシャオユウにお礼を言うと共に、彼が屋上から飛び降りたのは今回で2度目だと教えてくれた。

自殺願望があるわけでもなく、このような謎の行動を繰り返す神谷の調査を続けていくうちに様々な事実が浮き彫りとなる。彼が京國校の前に三島高専に通い、風間仁の友人だったこと、彼以外のクラスメートが集団失踪する謎の事件があったこと。これらの事実こそ風間仁へとつながる唯一の糸だと確信したシャオユウは、アリサと共に神谷へとさらなる接近を試みるが、なかなか核心に近づくことができない。

事態が混沌とするなか、その神谷が何者かによって連れ去られてしまう。謎の拉致事件……。そこには“三島財閥”という巨大な陰、風間仁、三島一八、そして、今は亡き“三島平八”の欲望入り乱れた血なまぐさい陰謀が隠されていた……。